Trots att organisationen officiellt tar avstånd från övergrepp på barn så menar Världen idag att RFSL sedan organisationen grundades propagerat flitigt för just pedofili.
Världen Idag lyfter fram det faktum att RFSL redan 1983 skickade in ett sexualpolitiskt uttalande till justitiedepartementet där man försvarade pedofili, och där dåvarande ordförande Kjell Rindar bland annat argumenterade för att pedofilen skänker sitt offer ömhet och kärlek och inte är sjuk. Så sent som 2011 fick Rindar hålla tal under Pridefestivalens invigning.
Ett annat besvärande faktum är att RFSL:s förbundskongress 1991 diskuterade huruvida man skulle starta en underavdelning för just pedofiler, även om den motionen avslogs så framkom det att Pedofila arbetsgruppen hade en postbox som gick till RFSL:s adress.
Två år senare uppdagades det att RFSL:s reseguide Spartacus ofta nyttjades av pedofiler när dessa skulle köpa sex i Thailand, enligt FN så fungerade guiden som vägledning för pedofiler som var ute efter sex med barn. Samma år försvarade RFSL:s grundare Nils Hallbeck pedofilguiden och hävdade att sex med barn kan vara någonting fint, samme Hallbeck har tidigare skrivit i organisationens egen tidning att två tredjedelar av alla bögar vill ha sex med unga pojkar.
Strax innan millennieskiftet så avslöjade Pål Hollender i filmen Pelle Polis och i en debattartikel att höga företrädare för RFSL är varma förespråkare av pedofili men att frågan inte drivs aktivt eftersom organisationen skulle skadas då den allmänna opinionen inte är redo för sådant än.
”Jag tycker att det vore bra om man hade ett klimat som möjliggjorde att det fortfarande fanns en pedofil arbetsgrupp som förde fram de här argumenten helt öppet. … Jag tror inte att det går i dag. Jag tror att man måste vänta och låta tiden gå tills det lugnat sig”, sade Kjell Rindar till Pål Hollender.
2002 kunde Världen Idag avslöja att RFSL:s kontaktförmedling används för sexhandel med barn, ett avslöjande som nominerades till Stora journalistpriset. Året efter detta blev det känt att RFSL:s ungdomsordförande förgripit sig på två unga pojkar som sökt stöd och rådgivning från denne.
2006 uppdagades det att QX Qruisers hemsida som står nära RFSL används för att sprida barnpornografiskt material och så sent som 2015 dömdes RFSL:s ordförande i Halmstad till fem och ett halvt års fängelse för 27 fall av sexuellt utnyttjande av person i beroendeställning.